298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_R0041 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0029  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0030  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14020  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0019  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0034  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000537169  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>