235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_R0017 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0053  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000194568  unclonable  8.89969e-24 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  88.61 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.521011 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0093  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0043  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t33  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA40  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82087  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R40  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.681358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0101473 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0033  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0045  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000186753  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>