232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0052 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  95.89 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  95.89 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  91.43 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  88.57 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  88.57 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  88.57 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  88.57 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  87.67 
 
 
79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  91.3 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  86.49 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  86.49 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0054  tRNA-Pro  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  84.72 
 
 
77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  84.72 
 
 
77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2126  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  88.24 
 
 
74 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  87.93 
 
 
78 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  85.14 
 
 
78 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  87.93 
 
 
78 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  87.04 
 
 
77 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  89.13 
 
 
74 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  87.93 
 
 
78 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  89.13 
 
 
74 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  85.14 
 
 
78 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  83.56 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0059  tRNA-Pro  84.62 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24870  tRNA-Pro  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>