299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_R0001 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4592  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0408974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31634  normal  0.278604 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0064  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0432605  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt08  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.521011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0057  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.434776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0039  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lplt08  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0050  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0101473 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0065  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.226717 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0037  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.47899e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>