249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0043 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0011  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.908816  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0023  tRNA-Pro  90.79 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0024  tRNA-Pro  90.79 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0032  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0138154  hitchhiker  0.00000207581 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.228938  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0013  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000103511  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_637  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0811434  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000229425  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0068  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.147043  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000540929  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0051  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000201389  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1518  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000134274  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0023  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0072  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000117208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.63357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0184  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>