210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET_tRNA-Pro-1 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.228938  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_637  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0811434  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0013  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000103511  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000540929  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1518  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000134274  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0025  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0051  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000201389  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0042  tRNA-Pro  89.39 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.354382  normal  0.128638 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0022  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.099872 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0030  tRNA-Pro  86.36 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.249196  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2042  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000171349  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2817  hypothetical protein  100 
 
 		 1494 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.292015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2141  hypothetical protein  96.77 
 
 		 156 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1470  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0048  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2898  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.685714  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0024  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0011  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.908816  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0045  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0030  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113286  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>