157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0057 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0033  tRNA-Pro  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt08  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt08  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0030  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0050  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0011  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0065  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731054 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2898  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.685714  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0048  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2817  hypothetical protein  91.49 
 
 		 1494 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.292015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>