292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_R0050 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0050    100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt08  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt08  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0064  tRNA-Pro  97.96 
 
 		 71 bp  89.7  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0432605  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0050  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0065  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731054 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0029  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00564676  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0014  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000112048 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0018  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0768542  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0037  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.47899e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>