249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0046 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt08  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt08  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0030  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0050  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0065  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731054 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0033  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0011  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0004  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.155196  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0036  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0614485  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0053  tRNA-OTHER  96.97 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.16241 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0064  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0432605  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0034  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0293372  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0048  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2898  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.685714  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2042  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000171349  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0055  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>