140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0083 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0083  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000950748  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0028  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.988711  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0032  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0312905  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0030  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0032  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0030  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135671  decreased coverage  0.0000000375958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0010  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0571351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0768542  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0065  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731054 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0048  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.917101  hitchhiker  0.00792166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0044  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.142801  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0023  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0077  tRNA-Pro  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.98508e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0044  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00846239  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>