297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_04840 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  98.67 
 
 		 77 bp  141  3e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0075  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0073  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36270  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.973598 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0012  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.189557  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  88 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1369  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0025  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0027  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00837628  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0272  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2522  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000228231  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2533  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122772  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0263  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.534581  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2226  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000065452  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24870  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2126  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>