160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0010 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0571351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0030  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135671  decreased coverage  0.0000000375958 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0012  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.189557  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0034  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000537169  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0032  tRNA-Pro  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0138154  hitchhiker  0.00000207581 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0081  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0090  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0096  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0027  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000011857  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt024  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000181735  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0741  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09860  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.513474  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R20  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0068  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.147043  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0034  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000221471  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0013  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.293207  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0048  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0052  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0058  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210923  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0042  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0031  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.942258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0180  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0015  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000278716  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0055  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0015  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000369215  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0055  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.758534  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5695  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000661366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5725  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000708731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000658436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000771561  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000391226  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000195724  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401442  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000342912  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0025  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0258602  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5812  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000461866  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4996  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0025  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0259954  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0105  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000482088  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0136  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00336688  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0786  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.39935e-31 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5733  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0102  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0861  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5027  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000593186  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5640  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.108099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>