159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_R0027 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0023  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0044  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00846239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2898  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.685714  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0048  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0029  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00564676  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0014  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000112048 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0022  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.099872 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0018  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0768542  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000540929  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0024  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0051  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000201389  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1518  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000134274  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0042  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.354382  normal  0.128638 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0035  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000571794  hitchhiker  0.0000531069 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0023  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0008  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.802652  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0032  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0138154  hitchhiker  0.00000207581 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0044  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.142801  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0012  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0025  tRNA-Pro  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3111t  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3075t  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0077  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.98508e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0026  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000311751  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>