68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0065 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731054 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt08  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt08  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0011  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0050  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0033  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0030  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.745885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0064  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 71 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0432605  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0030  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4652  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0301186  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4650  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253318  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0024  tRNA-Val  88.37 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0077  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.98508e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0026  tRNA-Val  88.37 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.289153  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0024  tRNA-Val  88.37 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3790  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336069  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3787  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1220  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.28673  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000845148  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2791  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000913036  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0039  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.319425  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2794  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000175616  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2477  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00937631  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2480  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0019483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>