270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_R0071 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1369  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0075  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0073  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0042  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  88 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>