120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0048 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0048  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.917101  hitchhiker  0.00792166 
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0083  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000950748  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0001  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.600067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0032  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0005  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0028  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.988711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0032  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0312905  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0030  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0014  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000112048 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0030  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113286  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0075  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt48  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4344  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0932654  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0049  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.203565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0017  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.432815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0029  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.649765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0023  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0047  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.722029  normal  0.0798457 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0077  tRNA-Pro  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.98508e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>