296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_R0042 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0073  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0075  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0048  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.917101  hitchhiker  0.00792166 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36270  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.973598 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1369  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0032  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0312905  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0030  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0032  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0028  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.988711  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0019  tRNA-Pro  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0034  tRNA-Pro  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.870471  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0030  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0031  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0056  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t42  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000750468  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0009  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0035  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000571794  hitchhiker  0.0000531069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>