243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_AR0064 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  86.9 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  86.9 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  86.9 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  94 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>