297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_R0043 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 92 bp  123  8e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 90 bp  113  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  93.88 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309262  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>