297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0040 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  129  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 90 bp  113  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 90 bp  113  7.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  103  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  7e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  86.9 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 85 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  85.53 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.305018  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>