274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_R0006 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  91.95 
 
 		 87 bp  117  5e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 90 bp  113  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  103  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  86.9 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  86.9 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>