177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_t60 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  95.29 
 
 		 88 bp  137  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  79.8  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0054  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000530132  hitchhiker  0.00450232 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  87.88 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>