298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_R0062 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    90.36 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0017  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000565076  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_627  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 95 bp  60  0.00000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>