247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0020 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  94.38 
 
 		 90 bp  137  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  97.33 
 
 		 90 bp  133  7.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  96 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  96 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  96 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  88.16 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 85 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0016  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.116346  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>