298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_R0063 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  93.06 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  93.06 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  93.06 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  93.06 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  93.06 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.226998  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  60  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  85.56 
 
 		 126 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00121332  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00119077  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>