299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0030 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  129  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  92.13 
 
 		 90 bp  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  119  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  92.77 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0016  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.116346  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>