298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0051 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  94.19 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  94.19 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  96 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  95.95 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 90 bp  113  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 90 bp  113  7.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 92 bp  113  7.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 90 bp  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 90 bp  113  7.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    90.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  93.65 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 91 bp  91.7  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 91 bp  91.7  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 91 bp  91.7  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 91 bp  91.7  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  92.06 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  88.16 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0016  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.116346  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  67.9  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.595817 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>