298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0015 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  7e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  7e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  91.7  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  91.04 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  91.53 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0037  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t24  tRNA-OTHER  87.01 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108568  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  91.07 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  90.14 
 
 		 85 bp  69.9  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  65.9  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  91.38 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2055  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000273575 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>