127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0021 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  93.26 
 
 		 89 bp  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0037  tRNA-Ser  91.14 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  89.61 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  97.96 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t51  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00175911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA25  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0856542  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R24  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.902283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4383  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0799273  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t24  tRNA-OTHER  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108568  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0061  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0952351  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51230  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.037288  hitchhiker  0.000112039 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0023  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.984743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0046  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00798672  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0076  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>