18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0023 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.984743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51230  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.037288  hitchhiker  0.000112039 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4383  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 92 bp  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0799273  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  92.77 
 
 		 87 bp  117  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t24  tRNA-OTHER  91.03 
 
 		 87 bp  99.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108568  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t51  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00175911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA25  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0856542  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R24  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.902283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>