219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1628 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna009  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna117  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna016  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000103361  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna043  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03029  tRNA-Ser  93.26 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06826  tRNA-Ser  93.26 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05459  tRNA-Ser  93.26 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00325  tRNA-Ser  93.26 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1123t  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 88 bp  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3157t  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 88 bp  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1111t  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 88 bp  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.797073  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3159t  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 88 bp  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1109t  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 88 bp  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.060013  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1106t  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 88 bp  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2352  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.488752  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2353  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.448422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2705  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.296774  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  95 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4383  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0799273  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0061  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0952351  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0064  tRNA-Ser  87.72 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0065  tRNA-Ser  87.72 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0087  tRNA-Ser  87.72 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000189881  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>