30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_60420 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0023  tRNA-Ser  92.77 
 
 		 90 bp  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.984743  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t24  tRNA-OTHER  92.5 
 
 		 87 bp  111  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108568  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4383  tRNA-Ser  91.25 
 
 		 92 bp  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0799273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51230  tRNA-Ser  91.25 
 
 		 87 bp  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.037288  hitchhiker  0.000112039 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t51  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00175911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA25  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0856542  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R24  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.902283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0076  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0075  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  90 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  82.89 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0046  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00798672  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>