64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_R0083 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t24  tRNA-OTHER  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108568  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  111  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t51  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00175911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA25  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0856542  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R24  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.902283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4383  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0799273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51230  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.037288  hitchhiker  0.000112039 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0023  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.984743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0075  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna117  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000103361  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0076  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06826  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05459  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03029  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00325  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000281552  normal  0.938437 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0001  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 96 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 96 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>