296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_R0058 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 94 bp  107  5e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  99.6  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 96 bp  99.6  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 95 bp  93.7  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 96 bp  91.7  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  91.36 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 96 bp  75.8  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  86.46 
 
 		 96 bp  73.8  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 94 bp  73.8  0.000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 96 bp  69.9  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 96 bp  65.9  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 97 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0058  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  92 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0057  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  60  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  92 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309165  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  86.89 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.416329 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  86.89 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  84.93 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>