299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0002 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  99.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 94 bp  89.7  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 96 bp  75.8  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 96 bp  75.8  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 97 bp  69.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 95 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 96 bp  63.9  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 97 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 95 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  56  0.000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  56  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  56  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.290353  normal  0.259608 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 94 bp  56  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.990986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.323881 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 96 bp  54  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>