297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_AR0035 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  94.62 
 
 		 91 bp  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  91.4 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  91.4 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  92.47 
 
 		 91 bp  113  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  91.4 
 
 		 92 bp  113  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  99.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 91 bp  99.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 92 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 92 bp  97.6  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 92 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 92 bp  97.6  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 92 bp  97.6  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 92 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  93.24 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  93.24 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 95 bp  89.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  90.41 
 
 		 97 bp  89.7  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  97.92 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  97.92 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 95 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 95 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0081  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000993348  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1044  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t24  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R71  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000974283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0117  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000725148  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>