140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_R0100 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  190  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 94 bp  97.6  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  89.7  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  86.46 
 
 		 94 bp  81.8  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  86.46 
 
 		 94 bp  81.8  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 96 bp  79.8  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 96 bp  79.8  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 94 bp  73.8  0.000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  86.6 
 
 		 96 bp  73.8  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 96 bp  61.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 95 bp  56  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 95 bp  56  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 95 bp  56  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 95 bp  56  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 97 bp  54  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0056  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0428087  normal  0.775874 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 97 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0061  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0952351  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 95 bp  50.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 89 bp  50.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 89 bp  50.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R24  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.902283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 94 bp  46.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 93 bp  46.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 93 bp  46.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>