55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0005 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  92.63 
 
 		 95 bp  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  92.63 
 
 		 93 bp  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 94 bp  111  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  93.24 
 
 		 96 bp  107  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 94 bp  93.7  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 94 bp  93.7  7e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 96 bp  63.9  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 96 bp  60  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 96 bp  60  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27540  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00531398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12720  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.376956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214676 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 96 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0073  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0453  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.363749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R29  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1831  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.399609  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0238116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0167  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0027  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000116718  hitchhiker  6.42112e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>