99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_R0016 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 91 bp  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 91 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 91 bp  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  94.32 
 
 		 88 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 91 bp  133  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  90.14 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  91.04 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  94.55 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  90.14 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  84 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  83.54 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11590  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0055  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317124  normal  0.494486 
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 96 bp  48.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307752  normal  0.728872 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  82.42 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0106  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.750224  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1742  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0902657  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 95 bp  44.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0021  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166714  normal  0.0117064 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0021  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0171602  hitchhiker  0.000301734 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>