185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1742 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1742  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0902657  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0075  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0725432  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0106  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.750224  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0532  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 95 bp  60  0.00000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.936136  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0088  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.632299  hitchhiker  0.00150076 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0055  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317124  normal  0.494486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0092  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.2204  hitchhiker  0.0044365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>