297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_R0025 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  143  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  95.89 
 
 		 90 bp  121  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4302  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0357702  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0009  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.509163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0008  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>