298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA6 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0051    100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  133  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  91.57 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 92 bp  101  3e-20  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  90.36 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  97.6  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer03  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.666732 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  65.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  85 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0532  tRNA-Ser  95 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.936136  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1742  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0902657  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  60  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>