297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0016 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 92 bp  125  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 92 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  93.83 
 
 		 87 bp  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  93.42 
 
 		 87 bp  103  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0041  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.592847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>