295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_R0041 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.592847  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  92.39 
 
 		 92 bp  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 90 bp  107  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  89.61 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0058  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0057  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 96 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 95 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  82.42 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  82.42 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0056  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.124378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>