296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0002 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 94 bp  107  5e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  85.39 
 
 		 96 bp  69.9  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 96 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.489158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 95 bp  56  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0081  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000993348  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 96 bp  54  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 96 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>