297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0015 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0106  tRNA-Ser  91.57 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.750224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0075  tRNA-Ser  91.57 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0725432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0092  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.2204  hitchhiker  0.0044365 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0023  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0001  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0001  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.330337 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  85.53 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1742  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0902657  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0055  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317124  normal  0.494486 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>