297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_R0002 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  92.05 
 
 		 87 bp  111  3e-23  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  111  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0073  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>