298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0025 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  97.18 
 
 		 90 bp  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  115  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  93.24 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  93.7  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  93.7  7e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 87 bp  93.7  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 92 bp  93.7  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4302  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0357702  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0009  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.509163  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  90.41 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0008  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0039  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 96 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0116  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>