297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_R0041 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 91 bp  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  94.52 
 
 		 91 bp  113  7.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  113  7.000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  113  7.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 92 bp  105  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 92 bp  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  91.36 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  91.36 
 
 		 92 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  91.36 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  89.87 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  91.14 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  91.14 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  91.14 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  91.14 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 92 bp  93.7  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0055  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317124  normal  0.494486 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0106  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.750224  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0075  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0725432  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>