282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_R0051 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  95.4 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  97.1 
 
 		 91 bp  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0008  tRNA-Ser  93.1 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000307717  hitchhiker  0.0000000040984 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  113  7.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  94.34 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  92.45 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  92.45 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  92.45 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  91.8 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  91.8 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  91.8 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  88.16 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  88.16 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  92.45 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  92.45 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  92.45 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  92.45 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0055  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317124  normal  0.494486 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0135552  hitchhiker  0.000657506 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000214233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  88.52 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  87.88 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  88.52 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  88.52 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0106  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.750224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>